O povoado de Messejana se originou de uma antiga aldeia indígena da nação Potiguara que, a partir de 1607, abrigou um aldeamento de jesuítas.
Em 18 de março de 1663, a então aldeia foi oficiamente denomida de Aldeia de São Sebastião da Paupina.
Os jesuítas, foram responsáveis pela urbanização de Messejana. Eles construiram a primeira capela que, em 1° de outubro de 1871, foi elevada de paróquia à igreja. A base da atual Igreja Matriz de Nossa Senhora da Conceição, foi feita sobre a base da 1ª fase iniciada em 1760 à 1873. Sendo terminada em 1873.
Em 1759, com a expulsão dos jesuítas do Brasil, esta vila passou a ser chamada Vila Nova de Messejana da América.
Nos séculos XVII, Messejana viveu de progesso e teve uma importante função econômica dentro do Ceará, pois serviu de via de seu escoamento de gado na época da carne do sol e charque. Deste período ainda existem vestígios da Estrada Parangaba-Messejana (hoje Paranjana) e a Estrada do Fio.
Mais tarde, no século XIX, esta foi uma das vias de escoamento do algodão vindo das regiões jaguaribana e sertão central, que era exportado via o Porto de Fortaleza.
Em 1836, é inaugurado o Cemitério Público de Messejana. Hoje este é o cemitério mais antigo de Fortaleza.
Em 1921 Messejana sofre uma transformação que teve repercussão até os dias de hoje. O então governador do Ceará,Justitiano de Serpa, rebaixou o município de Messejana a distrito e este é anexado à Fortaleza.
Abaixo a relação dos inúmeros orgãos públicos que funcionam em Messejana com respectivos telefones.
HOSPITAIS:
FROTINHA - 3105-1560
HOSPITAL WALDEMAR ALCÂNTARA -
ESCOLAS:
LICEU DE MESSEJANA - 3474-0439
EEEP COM. MIGUEL GURGEL - 3101-2071
EEEP JOSÉ BARCELOS - 3101-2163
EEFM JOSÉ DE ALENCAR - 3101-2076
EEFM PAULO BENEVIDES - 3101-2164
EEFM TELINA BARBOSA - 3276-3873
EMEIF JOSEFA BARROS DE ALENCAR - 3488-3307
EMEIF ANGELICA GURGEL - 3488-3304
EMEIF PROFº ANISIO TEIXEIRA - 3433-5295
EMEIF BARBARA DE ALENCAR - 3433-5280
EMEIF DEMOCRITO ROCHA - 3488-3306
BANCOS:
BANCO DO BRASIL - 3274-1309
CAIXA ECONÔMICA - 3278-1406
OUTROS:
5º BATALHÃO DA POLÍCIA MILITAR - 3101-3578
QUARTEL DOS BOMBEIROS - 3101-2018
6º DISTRITO POLICIAL - 3101-3534
SER VI - 3488-3120
POSTO DO INSS - 3229-3736
DETRAN - 3101-3458
CORREIOS - 3229-2315
CASA JOSÉ DE ALENCAR - 3276-2379
CAPS - CENTRO DE APOIO PSICO SOCIAL - 3488-3312
CENTRO DE ZOONOSES - 3433.3329
